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環狀RNA（CircRNA）

環(huan)狀RNA生成:

A. 經典的線性RNA剪切方式： 通過內(nei)含(han)子中的GU/AG序列，將(jiang)前后外(wai)顯子首尾(wei)(wei)相連(lian),成熟的RNA都具有5’短帽(mao)子結(jie)構和3’PolyA尾(wei)(wei)巴；

B. 環(huan)狀(zhuang)RNA的剪切方式： 通過特(te)異性反向(xiang)剪切，后面(mian)外顯(xian)子(zi)的(de)尾端(duan)與(yu)前(qian)面(mian)外顯(xian)子(zi)的(de)前(qian)端(duan)相(xiang)連，沒有5’短帽(mao)子(zi)結構(gou)和3’PolyA尾巴，由(you)一個或(huo)者多個外顯(xian)子(zi)構(gou)成, 有些環狀(zhuang)RNA也包含內含子(zi)。

環狀RNA的特(te)點:

1. 具(ju)有閉合(he)環狀(zhuang)結構，半衰期較線(xian)性RNA長(chang)；

2. 具有特異的(de)反向剪接(jie)位點（backsplice）；

3. 具有組織表達特異性、疾病特異性等；

4. 大多存在于胞(bao)質(CiRNA、EIciRNA)中，少部分存在于胞(bao)核中；

5. 大部分為非編碼RNA，且序列高度保(bao)守；

6. 整體表達豐度(du)低于(yu)mRNA；

環(huan)狀RNA的(de)分類(lei):

根據circRNA序列來源,可以把circRNA分(fen)為四類:

第一種是全部來源于母基因外(wai)顯子(zi)的circRNA(Exonic circRNA,EciRNA)；

第二種是(shi)全部(bu)來源于內含子的(de)套索(suo)型(xing)circRNA(Circular intronic RNA,ciRNA）；

第三種是來源于外顯子和內含子的(de)circRNA(Exon-intron circRNA,EIciRNA)；

第四種包括來(lai)源于(yu)(yu)反義鏈(lian)轉錄(lu)本的(de)反義circRNA (Antisense circular RNA) 、來(lai)源于(yu)(yu)基(ji)因間(jian)序列(lie)或其他未注釋基(ji)因組序列(lie)的(de)circRNA (Intergenic circular ）。

絕(jue)大(da)多數(shu)的circRNA屬于外顯子類型的circRNA，保守性較(jiao)其(qi)他種(zhong)類的circRNA也更(geng)高。

環狀RNA主要生物學功能(neng):

1.miRNA海綿(mian)功能(neng)

根據堿基的(de)互補配(pei)對法則,miRNA通過(guo)與靶(ba)基因(yin)中非翻譯(yi)區域結(jie)(jie)合從(cong)而(er)抑(yi)制或促進mRNA的(de)翻譯(yi)。RNA之間可以(yi)通過(guo)競爭的(de)方式結(jie)(jie)合共同的(de)miRNA來(lai)影響miRNA對靶(ba)基因(yin)的(de)抑(yi)制作用,這一類(lei)RNA稱(cheng)為(wei)競爭性內源(yuan)RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)。研究表明，circRNA結(jie)(jie)構穩定(ding)且含有(you)大量的(de)miRNA應(ying)答(da)原(yuan)件，可以(yi)作為(wei)高效的(de)ceRNA，與miRNA結(jie)(jie)合，發揮(hui)miRNA海綿功能，吸附(fu)miRNA，有(you)效地抑(yi)制miRNA與靶(ba)基因(yin)非翻譯(yi)區的(de)結(jie)(jie)合，從(cong)而(er)實現對靶(ba)基因(yin)的(de)調控作用。另外(wai)，有(you)些circRNA還可以(yi)與多個(ge)miRNA結(jie)(jie)合,影響多種基因(yin)的(de)調控。

2.作為(wei)翻譯(yi)模(mo)板

circRNA缺乏帽(mao)(mao)依賴性翻(fan)譯(yi)(yi)的(de)必(bi)需元件，如(ru)5'帽(mao)(mao)和polyA尾，因此，一般情(qing)況(kuang)下被認(ren)為(wei)不(bu)具備翻(fan)譯(yi)(yi)的(de)功能(neng)。但是近年來隨(sui)著對circRNA的(de)進一步的(de)研究,發現(xian)有少數的(de)circRNA含有內(nei)部核糖體進入位點序列(lie)（IRES）使(shi)其具備了翻(fan)譯(yi)(yi)能(neng)力，比(bi)如(ru)circ-ZNF609,circMb1,circFBXW7,circPINTexon2和circ-SHPRH已(yi)被證實(shi)可作(zuo)為(wei)蛋白質模板。

3.調控基因表達

有些CircRNA可與轉(zhuan)錄因(yin)子結(jie)合(he)調控(kong)基因(yin)的(de)轉(zhuan)錄。EciRNA可以與細胞內某(mou)些蛋白質分子特(te)異性結(jie)合(he), 作為腳手架 (Scaffold) 與RNA或DNA結(jie)合(he), 為RNA結(jie)合(he)蛋白（RBP）、RNA、DNA之間互作提(ti)供平臺。

CircRNA數據庫:

① circBase（//www.circbase.org/）

circBase收(shou)集了近幾(ji)年研究(jiu)發(fa)現的(de)上萬(wan)種環狀RNA，是一個通過(guo)收(shou)集和(he)整合(he)已經發(fa)布的(de)circRNA數(shu)據(ju)構(gou)建的(de)數(shu)據(ju)庫。目前該數(shu)據(ju)庫收(shou)集包(bao)括以(yi)下7個物種的(de)circRNA信息(xi)：人(hg19)、小鼠(mm9) 、秀麗線蟲(ce6)、黑腹果(guo)蠅(dm3)、矛尾魚(latCha1)、腔(qiang)棘(ji)魚(latCha1)、真(zhen)渦蟲（S.mediterranea），通過(guo)在(zai)搜索界面中的(de)list search提交circBase支持的(de)circRNA ID號或(huo)基因組區域位置信息(xi)，可以(yi)快速(su)查詢相關circRNA信息(xi)；研究(jiu)者也可以(yi)通過(guo)table browser進(jin)行條(tiao)件設置，篩選自己所需(xu)要的(de)circRNA數(shu)據(ju)。

② circRNABase數據(ju)庫(ku)

（//starbase.sysu.edu.cn/starbase2/mirCircRNA.php）

該數據(ju)(ju)庫通(tong)過整合(he)(he)已發(fa)表的circRNA數據(ju)(ju)，構建miRNA與circRNA以(yi)及circRNA與RNA結合(he)(he)蛋(dan)白（RBP)的互(hu)作(zuo)網絡。

維真CircRNA服務項目:

① CircRNA載體構建與病(bing)毒包裝

維真生物將(jiang)環(huan)化框裝入載(zai)(zai)體中(zhong)，構(gou)建(jian)成功(gong)了大量circRNA表達(da)載(zai)(zai)體，并建(jian)立了腺病毒、慢病毒和(he)AAV全套circRNA過(guo)表達(da)和(he)干擾載(zai)(zai)體的系統。

部(bu)分載體列表：
更多(duo)環化載體咨詢，請撥打400-077-2566，或當(dang)地銷售(shou)經理。

② CircRNA表達量與成(cheng)環(huan)性檢(jian)測

維(wei)真生物可(ke)提供專業(ye)的(de)circRNA表達(da)量(liang)與(yu)成(cheng)環性檢測服務。我們(men)能針對CircRNA上(shang)的(de)不同區域設計特異性的(de)RT-PCR驗證(zheng)引物，從而檢測circRNA的(de)表達(da)水(shui)平，并能準確的(de)計算(suan)成(cheng)環效率(lv)。