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shRNA克隆


研究基因的功能,科研工作者通常從兩方面著手:功能獲得性和功能喪失性。而RNAi技術就是功能喪失性研究的一種。它是正常生物體內抑制特定基因表達的一種現象,當細胞中導入與內源性mRNA編碼區同源的雙鏈RNA(dsRNA)時,該mRNA發生降解而導致基因表達沉默。它是研究轉錄后調控的有效工具,可用于功能基因組研究以及基因治療等臨床應用。為了靈活滿足研究者不同科研項目的需求,維真生物可提供多種shRNA克隆服務,具體服務內容見下面:


服務編號

服務類型

規格

目錄價

貨期

WZ030001

單shRNA質粒構建

5ug質粒+500ul菌液

詢價

咨詢

WZ030002

套餐shRNA質粒構建(3保1)

5ug質粒+500ul菌液

詢價

咨詢

WZ030003

套餐shRNA質粒構建(4保1)

5ug質粒+500ul菌液

詢價

咨詢

WZ030004

2 in 1 shRNA質粒構建

5ug質粒+500ul菌液

詢價

咨詢

WZ030005

3 in 1 shRNA質粒構建

5ug質粒+500ul菌液

詢價

咨詢

WZ030006

4 in 1 shRNA質粒構建

5ug質粒+500ul菌液

詢價

咨詢

WZ030007

誘導性shRNA質粒構建(Dox、Cre……)

5ug質粒+500ul菌液

詢價

咨詢

WZ020008

mir30-based shRNA質粒構建

5ug質粒+500ul菌液

詢價

咨詢


*注:shRNA質粒若需要改造,需要額外增加質粒改造費用


*如您對上述服務感興趣,請您點擊“歡迎垂詢”留下您的信息,我們將為您提供具體實驗方案和項目價格。


相關服務: 腺病毒包裝 慢病毒包裝 腺相關病毒 shRNA干擾效果驗證



↓↓ 分以下幾個部分做詳細介紹 ↓↓

  • 服務簡介
  • 服務特色
  • 服務流程
  • 相關資料
  • FAQs
  • 相關產品
  • 客戶文章

 近年來,RNAi已成為研究基因功能不可或缺的工具。其應用領域已經從基因組學研究逐步擴展到醫學領域并作為基因治療手段。RNAi作為這么重要的分子生物學技術,其原理如何?如下圖所示:外源dsRNA進入細胞后在Dicer酶的作用下產生雙鏈siRNA,雙鏈siRNA解旋后,其反義鏈和多種核酸酶形成了沉默復合物(RNA-induced silencing complex,RISC),RISC具有結合和切割mRNA的作用,從而介導RNA干擾的過程。





維真生物-RNAi原理圖


根據RNAi的作用機制,RNAi實驗的研究步驟大體分為4步,詳見下圖:


維真生物-RNAi實驗的研究步驟


 除了化學合成siRNAs外,維真生物可以提供Vector-based shRNAs構建、導入細胞和抑制效果驗證服務,功能驗證服務需要根據客戶的實驗需求進行現場評估。RNAi的效應分子是siRNA。不管您選擇什么干擾方式,最終均會形成siRNA,然后與RISC多蛋白復合物組裝成有活性的RISC,發揮基因沉默功能。*shRNA(short hairpin RNA),即短發卡RNA,是可以克隆至表達載體并表達siRNA雙鏈的RNA分子;siRNA(small interfering RNA),即小干擾RNA,是21-23nt的雙鏈RNA復合物,每條鏈的3’端有2-3個突出的非配對堿基且3’端為羥基,5’端為磷酸,這個結構具有能被Rnase Ⅲ樣活性的核酸酶識別切割的特征,從而引發高度保守的Dicer 家族的RNaseⅢ的識別作用進而特異切割dsRNA產生基因沉默作用。下面是siRNA(上圖)和shRNA(下圖)的結構示意圖:









維真生物-siRNA和shRNA圖


 siRNA與shRNA都可以有效沉默或抑制目標基因的表達,但是作用機制還是有一些區別的,具體內容詳見下圖:



siRNA和shRNA的區別:


比較項

shRNA

siRNA

穩定性

低、容易降解,壽命短

作用時效

作用時間較長,持續數星期甚至更長

作用時間較短,一般為1周左右

脫靶率

導入細胞方式

質粒載體,普通轉染;病毒導入,克服轉染困難細胞的導入;

普通轉染;轉染困難細胞的細胞難轉染

表達方式

聚合酶II型和III型啟動子驅動;可使用誘導表達系統;
可以與報告基因共表達,可視化細胞導入效率

直接化學合成

抑制效果檢測時間

取決于靶蛋白的半衰期



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Vector-based shRNAs,多數由聚合酶III型啟動子驅動表達。常見的聚合酶III型啟動子包括U6和H1,這類啟動子缺少組織特異性,主要用來啟動比較短的RNA,且末端需要4-6個連續的T來終止轉錄。下面是Vector-based shRNAs的結構示意圖:




 關于Vector-based shRNAs,為了滿足廣大科研工作者不同的實驗需求,維真生物可以提供多種shRNA質粒構建服務:

單個shRNA載體構建,客戶提供高效siRNA靶點,維真生物公司根據靶點構建shRNA質粒。

套餐shRNA質粒構建,維真生物根據客戶提供的靶基因信息構建3保1或者4保1 shRNA質粒。

多和1 shRNA載體構建特色1維真生物根據客戶提供的高效siRNA靶點和靶基因信息構建多和1 shRNA質粒。

 以4 in 1 shRNA為例:該服務是將4條shRNA序列克隆至1個shRNA質粒。維真生物的4 in 1 shRNA質粒不僅可以用于轉染細胞,也可包裝成病毒用于病毒導入宿主。


4 in 1 shRNA下調GFP表達

4 in 1 shRNA下調RCAN1表達


優勢

 1)將4個作用于同一基因不同mRNA部位的shRNA序列克隆進同一shRNA載體,增加了目的基因下調表達的概率。

 2)將高效的、作用于2-4個靶基因的shRNA序列克隆進同一shRNA載體,實現2-4個基因同時下調表達的目的。

3)無需序列篩選,大大減少實驗工作量。

 4)多種4 in 1 shRNA病毒載體的選擇,包括腺病毒穿梭載體、慢病毒載體和腺相關病毒載體,實現不同的實驗目的。



劣勢

針對同一目的基因的4條shRNA序列,不能具體確定哪條shRNA序列的干擾效果最好。

mir30-based shRNA質粒構建特色2實現組織特異性基因沉默。

 shRNA的RNAi機制與microRNA成熟機制一樣,因此,shRNA也可以由聚合酶II型啟動子驅動表達。這類啟動子包括廣譜啟動子(如CMV、CAG和EF1a等)和組織特異性啟動子(如hSyn、TBG和cTnT等),可以啟動較大的基因轉錄,且需要polyA等轉錄終止信號。維真生物可以根據客戶指定的啟動子和提供的shRNA序列將其構建至mir30-based shRNA質粒。mir30-based shRNA結構示意圖如下:





誘導性shRNA質粒構建特色3包括Cre/loxp,Flp/Frt和Tet on等誘導系統。

 以Cre on shRNA為例,該服務是使用FLEX(flip-excision)系統實現shRNA誘導表達。FLEX是一種非常強大的控制基因表達的方法,它采用2對異質、反向的loxp位點(loxP和lox2272),經過DNA翻轉產生帶有不同loxp位點的DNA翻轉,防止進一步的DNA翻轉,實現目標基因不可逆的翻轉。維真生物采用改良版FLEX,將2對異質、反向的loxp位點置于啟動子兩邊,通過cre作用決定啟動子方向,通過不同熒光蛋白可視化shRNA的表達。






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1. 維真生物載體的啟動子是哪些?

維真生物載體使用兩類啟動子:人源的U6啟動子和H1啟動子。


2. 人源的U6啟動子和H1啟動子是否可以應用于大鼠、小鼠或其他哺乳動物細胞中?

可以的。人源的U6啟動子和H1啟動子之間沒有物種差別。這些啟動子在大鼠、小鼠或其他哺乳動物細胞中的啟動效率也非常好。


3. 你們保證siRNA干擾載體的效果嗎?

 如果針對一條被干擾的基因設計三條或四條shRNA,維真生物承諾在客戶細胞轉染效率達80%以上的條件下,如果3個或者4個靶點shRNA沒有任何一個對靶基因的抑制效率在mRNA水平上達到70%以上,公司將免費重新設計并構建4個新的shRNA質粒,需要增加一個實驗周期。若重新構建的shRNA載體仍然沒有任何一個對靶基因mRNA的抑制效率能夠達到70%,可能和該基因有關,公司僅收取客戶單次shRNA載體構建費用。


4. 針對一條被干擾的基因,你們建議訂購幾個干擾載體?

針對一條被干擾的基因,我們建議至少構建3個干擾載體。


5.我如何監控轉染效率?

您可以采用維真生物帶有GFP標記的shRNA載體直接地監控轉染效率。


6. 維真生物能夠利用來自其它公司的載體構建vector-based shRNA載體嗎?

可以,不過需要您提供給我們載體。


7. Vector-based shRNA的交付周期為多久?

交付周期為2-3周。


8. 使用病毒感染細胞的優勢是什么?

 病毒介導的shRNA可以克服一些由于靶細胞影響RNAi的問題,如原代細胞、成纖維細胞和樹突狀細胞等,這些細胞的轉染效率低。




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1.

Cell Death and Disease. (IF=6.304). Tian, et al. (2020). MYC-regulated pseudogene HMGA1P6 promotes ovarian cancer malignancy via augmenting the oncogenic HMGA1/2.[山東大學齊魯醫院Tet-on-sh-HMGA1P6 shRNA vector (pZIP-TRE3G-ZsGreen-Puro) 卵巢癌]

2.

INTERNATIONAL JOURNAL OF ONCOLOGY. (IF=3.899). Cui, et al. (2019). TGF-β-induced long non-coding RNA MIR155HG promotes the progression and EMT of laryngeal squamous cell carcinoma by regulating the miR-155-5p/SOX10 axis.[河北醫科大學第二醫院耳鼻咽喉科 4 sh-MIR155HG LSCC cells(TU177 & AMC-HN-8) 喉癌]

3.

Cerebral Cortex. (IF=5.043). Lu, et al.(2017). Neuritin Enhances Synaptic Transmission in Medial Prefrontal Cortex in Mice by Increasing CaV3.3 SurfaceExpression.[復旦大學 NRN1 AAV-4 in 1 shRNA-GFP 突觸傳遞]

4.

Journal of Cellular and Molecular Medicine. (IF=4.486). Wang, et al. (2020). Inhibition of PFKFB3 suppresses osteoclastogenesis and prevents ovariectomy-induced bone loss.[華中科技大學同濟醫學院同濟醫院骨科 murine PFKFB3 Adenoviruses-4 in 1 shRNA-GFP 骨髓源性巨噬細胞BMMs MOI=50 破骨細胞相關疾病]

5.

EBioMedicine. (IF=5.736. Li, et al. (2019). Inhibition of AZIN2-sv induces neovascularization and improves prognosis after myocardial infarction by blocking ubiquitin-dependent talin1 degradation and activating the Akt pathway.[南方醫科大學南方醫院AZIN2-sv Adenoviruses-4 in 1 shRNA-GFP 人臍靜脈內皮細胞HUVECs MOI=100 新血管形成]

6.

Bone. (IF=4.147). Zhao, et al. (2018). YAP1 is essential for osteoclastogenesis through a TEADs-dependent mechanism.[華中科技大學同濟醫學院同濟醫院骨科murine YAP1 Adenoviruses-4 in 1 shRNA-GFP 骨髓源性巨噬細胞BMMs & RAW264.7 cells破骨細胞生成]

7.

Cardiovascular Research. (IF=8.168. Li, et al. (2018). Loss of AZIN2 splice variant facilitates endogenous cardiac regeneration.[南方醫科大學南方醫院 AZIN2-sv Adenoviruses-4 in 1 shRNA-GFP 心肌細胞CMs MOI=100 & 大鼠心肌注射 心臟再生]

8.

Cell Discovery. (IF=6.255). Liao, et al. (2019). USP10 modulates the SKP2/Bcr-Abl axis via stabilizing SKP2 in chronic myeloid leukemia.[廣州醫科大學pLent-4in1shRNA(For USP10/SKP2)-GFP & pLent-EF1a-FH-CMV-GFP containing SKP2-CDS, SKP2 (S72A) CML cells MOI=10 慢性粒細胞白血病CML]

9.

Oncogene. (IF=7.971). Li, et al. (2019). MicroRNA-150 Modulates Adipogenic Differentiation of Adipose-Derived Stem Cells by Targeting Notch3[中國醫科大學 pLent-4in1shRNA[For human USP14 (NM-005151)]-GFP 人乳腺癌細胞 MOI=10 雄激素受體陽性乳腺癌]

10.

Oncogene. (IF=7.971). Liao, et al. (2018). Growth arrest and apoptosis induction in androgen receptor-positive human breast cancer cells by inhibition of USP14-mediated androgen receptor deubiquitination.[廣州醫科大學 pLent-4in1shRNA[For human USP14 (NM-005151)]-GFP 人乳腺癌細胞 MOI=10 雄激素受體陽性乳腺癌]

11.

J Mol Cell Cardiol. (IF= 4.133). Li Z, et al. (2017).TCONS_00075467 modulates atrial electrical remodeling by sponging miR-328 to regulate CACNA1C.[山東大學千佛山醫院心內科 4in1shRNA(for TCONS_00075467)慢病毒lenti-RNAi-TCONS_00075467 原代心肌細胞 心房顫動AF的電重構]

12.

Behavioural Neurology. (IF=2.093). Qu, et.al. (2018). MST1 Suppression Reduces Early Brain Injury by Inhibiting the NF-κB/MMP-9 Pathway after Subarachnoid Hemorrhage in Mice.[第三軍醫大學西南醫院神經外科 MST1 AAV-4 in 1 shRNA-GFP 腦室注射 蛛網膜下腔出血]



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